日本ではピンク系トマト（‘桃太郎’系）が生食用として広く人気を博し、赤系
トマトはもっぱら加工用とされた。しかし近年になって赤系トマトには、抗酸
化作用を持つとされる成分リコピンが多量に含まれていることから利用が見直
されてきている。他に白、黄、緑色のものがある。果実にはゼリー状物質が満
たされている。

他に、実が細長いイタリアントマトや、実が極めて小ぶりで凹凸の少ないミニ
トマトがある。

農林水産省の品種登録データベースによれば、100種を超えるトマトが登録さ
れている（2003年7月4日現在）。登録者はカゴメ株式会社が多い（品種登録
は、品種の開発を行ったものなどが登録をすることで、その品種の育成に関わ
る行為を他人に許諾する権利を登録者に一定期間与えるもの）。野菜類の登録
品種数はおよそ800前後でありトマトの占める割合は大きい。一方でF1品種は
登録されないことが多く、桃太郎などの有名な品種の登録がない。