はじめまして、失礼ですがダイレクトにお聞きします。
俗にいう「寝取られ願望」がありますか？
自問自答して、出来るだけ冷静に自分の心に聞いてみることです。
とは言っても、現在の胸中では厳しいでしょうね。

男が自分のパートナーが綺麗で連れて歩くのが楽しくて
その行為が派手な服装から露出度の多い服へと変わり
やがて下着を身に着けずにミニスカで出歩くと言うのは
よくある事で、法に触れない限りにおいては二人の楽しみ方
と言う事になるでしょうが、そこで他の男に視姦される事に興奮を
覚えると、一種の「やきもちと優越感」とが入り混じった
複雑な気持ちになります。

今回の件は、はっきり言いまして許しがたい
「パワハラ・レイプ」となりますが、結局彼女は
してしまったのは、『早くこの場から解放されたい』
と言う事でしょうが、その時のことを覚えていないというのは
嘘です。
形状・硬さ・匂い・精液の味全て覚えている事でしょう。

上司はまた迫ってきますよ。
まずは民事的な解決法としては上司の上司に話をするか
上司の奥さんと話をする。
この二点ですが、金で解決を提案された場合、
それで良ければ妥協する。
開き直った場合、民事訴訟法で裁判を起こす。
この場合、時間と弁護費用や精神的打撃は今現在
の比ではありません。

一番肝心なことは、女性の立場で考えてあげる事です。
彼女が本当にご貴殿を愛していて、一刻も早く終わらせて
その場を立ち去りたかった。
という言葉を信じるか信じないかはご貴殿の心の
大きさに掛かってきます。

と言うのもどう考えても理解できない点が二つあります。

①誤っているうちに可哀そうになった。
-演技で同情を誘った上司に以前から
少なからず好意（恋愛感情）を持っていた-
（これは無意識の意識で本人に自覚がない場合がある）

②帰路のタクシーに同乗。
-本当に嫌で無理やりさせられたのなら絶対に有り得ない。
乗車中にもしつこく口説こうとする上司。-

今まではご貴殿が魅力のある彼女に抱く心配は
彼女もよく理解していたことでしょう。
今回の事で、彼女と関係を拒まれた上司は
圧力を掛けてくるでしょう。
と、同時に社内で変な噂が広まり、
「知らぬは本人ばかりなり」と成りえます。

早く上記の行動をとるべきです。
ご貴殿が彼女を信じるのなら、また彼女が
本当にご貴殿を愛しているのなら決断できるはずです。

男の魅力をもっと磨いてください。
応援しますよ。

一言で言って正直に告白した彼女を信じてあげるべきだと思います。
彼女の行為は切羽詰った状況で必死に考えた結果でしょうから、
それは彼女の知恵として認めてあげるべきです。ここであまり彼女を
追い詰めると、それこそ変な方向に行く可能性がないとも言えません。
それよりも、上司という男が再び手を出さないようにするためには、
その上司の行為を貴方が知ってしまったこと、貴方が非常に怒っていること。
そして場合によってはそれ以上の手段（会社の上司に貴方が行動を起こす
可能性があること。）を彼女を通じてその男に言うこと、が歯止めになると
思います。もっとも貴方の気持ちが収まらないのなら、その他いろいろの
手段があると思います。とにかく黙って泣き寝入りしないことです。