他人同士で子ども作るよりは可能性高いやろね。
絶対に障害を持った子どもが生まれるってわけやないけど。

近親者に障害者がいるのならば可能性は格段に高くなる。
そうでなくとも普通に障害をもって産まれてくる場合の数十倍の確率にはなるはず

近親相姦による先天的異常をもって生まれる確立は約３倍強だったように記憶していますが、もともと、血縁関係のない正常なカップル同士に生まれる子供が先天的異常をもつ確立はきわめて低いので、近親交配を繰り返さなければ、大丈夫だと言えます。
そんなことよりも、生まれてくる（きた？）子供の社会的身分を憂慮すべきです。実際の父親を戸籍に記録できないのですから。