この投稿を読んだ上での私の勝手な予測を少し長々と書いてみます。
まず現時点で提示されている情報を読み解くと、飛び出して行った原因は結局はストレスが爆発したせいだと思いました

恐らく出先のバイトか友人関係で、許容できない程もの凄く嫌な目に遭いストレスを募らせてしまいモヤモヤしている中でのんきに目の前でプリンを食べる彼氏を見て「私の気持ちを理解できる奴なんていねぇ！」と反射的に思い込んでしまい爆発してしまったんだと思います。
悩みを相談するというプロセスをぶっ飛ばして爆発して姿をくらます、つまりタカシさんに対しては逆恨みみたいなことをしてしまったのではないでしょうか。
飛び出して行ったっきり帰ってこなかったということは、今まで築き上げた良かったことも悪かったこともすべてリセットしてでも住んでいた土地から立ち去ってしまいたくなったのだと思います。
タカシさんが平凡と思っていた彼女は実はもの凄くアグレッシブだったり、はたまたダウナー(アグレッシブの対義語が出なかった...)で、彼氏が欲しいがためにタカシさんに無理して合わせていたのかなとも思ったのですが、
同棲に賛同して同棲生活が始まってからすぐということでしたのでタカシさんに対して大きなネガティブな感情があったとは少々考えにくいんですよ。
また同じ理由で他に付き合っている男がいたとも思えないです。
アルバイト先に実家の住所を聞いても個人情報保護の観点で教えてもらえないと思いますが…彼女がどこ県出身とかも聞いてませんか？
田舎から都会に出てきた又は都会から田舎に来たという文化的なギャップがあった場合ストレスが蓄積しやすい状態にあったと思います。

彼女が成人して30代にもなっているのに就職ではなくアルバイターだったという所も気になりました。
彼女は何かしらの夢追い人だったのでしょうか。
それとも失礼ながら就職できないような感じの人だったのでしょうか。
興味深い話なので細かいところをうかがってみたいですね。
まだ彼女の心理の謎解きを頑張る気がありましたら、私なりにガチで考えてみたいので年齢や住んでいる県や彼女のアルバイト内容や学歴等、彼女の簡単な素性を知りたいです。

彼女が秘密工作員で
あなたが暗殺対象者

二つあったプリンの一つには
毒が仕掛けてあった。

二人で食べることを想定していて
その際には彼女が食卓に用意するつもりだった。
もちろん毒入りをあなたに手渡し
彼女はあなたが食べるのを見届ける計画。

しかし、
あなたが先に一人で
毒なしを食べてしまったので、
残ったのは毒入りのみ。
当然、目の前で食べるわけにもいかず
暗殺も失敗。

毒入りプリンと一緒に失踪した。

彼女はあなたと
一緒に暮らす中であなたに
情も湧き、毒殺で苦しませずに殺し、また暗殺の完了も見届けるには、
この方法しか実行出来なかった。


最後の手段が潰えてしまい
あなたの前から彼女は消えるしかなかった。